El museo está ubicado a 18 kilómetros de la ciudad de Valdivia, en la localidad de Niebla.
En transporte público, los recorridos de microbuses por la calle Carampangue y colectivos al costado derecho del Mercado Municipal de Valdivia, realizan el trayecto hasta la costa y pasan por el exterior del museo.
En el caso de acercase en movilización particular, cruzar la Isla Teja por el puente Pedro de Valdivia, en la rotonda doblar hacia la izquierda, tomar el puente Cruces hacia Torobayo, pasar Estancilla, Cutipay, Pino Huacho, Agua del Obispo, Las Canteras y muelle de Niebla. El museo se ubica junto a la Plaza de las Banderas, Bomberos e iglesia de Niebla, calle del Castillo s/n. Existe un estacionamiento público frente a la plaza.
El camino es pavimentado, a unos 20 a 30 minutos en vehículo.
