Como parte de la Subdirección Nacional de Museos del Servicio Nacional del Patrimonio Cultural, el museo recibe objetos en donación. Sin embargo, se debe cumplir ciertos procesos para llevarlo a cabo. En primer lugar, se debe escribir a la dirección de la unidad, quien canalizará el requerimiento y se constituirá una comisión de altas que ponderará y determinará la idoneidad de la donación para dar respuesta al solicitante.
Cabe recordar que toda pieza que ingresa a la colección de un museo del Estado, adquiere categoría de Monumento Histórico Nacional.
Las colecciones que deseen ser ingresadas deben cumplir con algunos estándares mínimos de registro y conservación preventiva de colecciones arqueológicas y paleontológicas, así como de registro del patrimonio arqueológico, ajustándose al protocolo de manejo de colecciones del Servicio Nacional del Patrimonio.